امامزاده سید مظفر(ع) با پنج واسطه نسب شریفش به امام موسی کاظم(ع) میرسد. این شجره طیبه که از کوثر زلال فاطمی سرچشمه گرفته است بنا بر نقل نسب شناسان چنین آمده است.
مظفر بن محمد بن ابراهیم بن محمد بن عبدالله بن موسی الکاظم(ع) در رابطه با شخصیت والای جد او عبدالله بن امام موسی الکاظم(ع) چنین آمده است که «کان سیداً جلیلاً» عبدالله از اصحاب امامرضا(ع) و امامجواد(ع) بوده و راوی حدیث بودهاند.
وی صاحب پنج فرزند ذکور به اسامی احمد، حسین، محمد، حسن و موسی بوده و تنها از محمد و موسی دارای نسل است. علمای انساب اعقاب سیدمحمد بن عبدالله بن موسی(ع) را در نصیبین، کوفه و رمله نوشتهاند.
یکی از نوادگان سیدمحمد، سیدجعفر بن محمد بن ابراهیم بن محمد نام دارد که برادر امامزاده سیدمظفر است و از ثقات محدثین شیعه به شمار میرود و مرحوم شیخ مفید(ره) از او روایت نقل کرده است.
ظاهراً سیدمظفر(ع) به خاطر جوّ ناآرامی که در بغداد بوده به هرمزگان مهاجرت کردهاند و در ربع اول قرن چهارم هجری وفات یافته است.
اکثر پسر عموهای وی در خوزستان، بوشهر و بحرین سکونت داشته و سادات جزایری و سادات روضاتی و خوانساری از همین خانوادهاند.
صاحب کتاب «المعقبون من آل ابی طالب(ع)» ضمن اشاره به نسب شریف امامزاده سیدمظفر برای وی فرزندی به نام سیدحسین قایل است که از او زید و سرانجام «سیدعلی شرف الدین بن احمد بن علی بن حسین بن محمد بن حسین بن محمدبن حسین بن محمد بن زید» مذکور را نام میبرد.